Gli ospiti dispongono di 48 tra camere e suites, situate sia nell'antica Torre Borbonica che in una più recente costruzione annessa, tutte arredate con colori caldi di una sobria eleganza mediterranea.
Alcune suites nella Torre Borbonica si articolano su due livelli e sono arredate con mobili d'epoca.
Tutte le camere e suites della Torre Borbonica hanno una spettacolare vista sul mare .
La maggior parte della camere della parte nuova si affaccia sulla baia di Ponza, nonché sui resti della Villa di Augusto e su frutteti e vigne coltivate in terrazze.
L'Hotel Torre dei Borboni rappresenta un luogo ideale per l'organizzazione di incontri di carattere professionale, in un contesto alternativo e pittoresco. Le due sale convegni, dotate di tutte le necessarie attrezzature tecniche, possono ospitare fino a 150 persone, e possono essere utilizzate congiuntamente.